小学館eコミックストアと小学館デジタルコミックサービスを異なるアカウント（小学館ID）でログインしている可能性があります。
以下の操作をお試しください。
※再認証のため課金手続きを途中までおこないますが、工程4でサイトに戻ることで課金はされません。
下の「小学館デジタルコミックサービスをログアウト」から小学館デジタルコミックサービスをログアウトします。
小学館eコミックストアに戻り、メニュー等から「コインの購入」を選択します。
小学館IDのログイン画面に遷移します。小学館eコミックストアで使用しているメールアドレス、パスワードを入力してログインしてください。
コイン購入の選択画面が表示されたら価格表の下にある「サイトに戻る」から小学館eコミックストアに戻ります。